- lacuri, bălți şi pâraie, în care trăiesc populații importante de nevertebrate acvatice, peşti şi amfibieni.
- mlaştinile de turbă - sunt habitate foarte importante pentru conservarea unor specii rare de plante precum unele specii de orhidee iubitoare de umiditate - Gymnadenia frivaldii, Dactylorhiza cordigera, plante carnivore - Pinguicula vulgaris, unele specii de Bryofite (muşchi) şi altele. De asemenea ele au şi câteva funcții ecologice importante precum reținerea apei în sol, protejarea solului de eroziune etc. Mlaştinile de la Zănoaga-Judele au fost mai mult studiate datorită interesului special pe care-l reprezintă din punct de vedere palinologic (palinologie = stiința care se ocupă cu studiul polenului).
- lacul de acumulare Gura Apelor, situat pe limita de vest a parcului, este un habitat acvatic artificial, construit între anii 1975 și 1986 pe valea Râului Mare. A devenit în timp o zonă importantă pentru păsări, în special păsări de apă, care îl folosesc ca loc de iernat, cuibărire şi hrănire.
Parcul Naţional Retezat este supranumit “Tărâmul cu Ochi Albaştri”, datorită multitudinii de lacuri glaciare ce se găsesc în masiv şi care reprezintă aproximativ 38% din totalul de lacuri glaciare din România. Prezenţa lacurilor este rezultatul topirii foştilor gheţari alpini şi a urmelor lăsate de aceştia. Lacurile, alimentate de zăpada topită a crestelor, oferă privelişti de vis, iar dispunerea celor 54 de lacuri glaciare permanente în căldări, pe trepte de versanţi, în complexe sau izolate şi concentrarea lor într-un singur masiv muntos creează un peisaj spectaculos care atrage anual admiraţia a mii de turişti.
Lacul Bucura este cel mai întins lac glaciar din România cu o suprafață de 8,9 ha. Tăul Porţii este lacul glaciar aflat la cea mai mare altitudine din Munții Retezat, la o altitudine de 2260 m. Tăul Porţii este alimentat doar din izvoarele subterane și din precipitații fiind primul lac din salba de lacuri glaciare înșirate din căldarea Bucurei, al doilea fiind Tăul Agățat și continuându-se cu lacurile Bucura, Viorica, Florica, Ana și Lia. Un alt lac spectaculos este lacul Zănoaga care este cel mai adânc lac glaciar din țară, cu o adâncime de 29 m. Tăul Țapului este cel mai pitoresc lac din Retezat, fiind singurul care are o insuliță cu ochi verzi, de jneapăn. Alte lacuri glaciare care reprezintă o atracție pentru turiști, binecunoscute iubitorilor de munte și intens vizitate pentru frumusețea lor sunt: Galeșu, Tăurile Custurii, Ștevia și Tăul dintre Brazi - singurul lac situat în zona de pădure și care nu are origine glaciară din Parcul Național Retezat. Recomandăm spre vizitare un loc special, la care se poate ajunge ușor - lacul de acumulare Gura Apelor, care este situat pe limita de vest a parcului. Lacul este un habitat acvatic artificial, construit între anii 1975 și 1986 pe valea Râului Mare.
Parcul Național Retezat, unul dintre cele 22 de parcuri naționale și naturale administrate de Regia Nationala a Padurilor - Romsilva, este situat în sud-vestul țării, în județul Hunedoara.
